گروەهای حشد شعبی در عراق هر یک دارای زندان‌های مخفی مخصوص بە خود هستند کە هزاران تن از مردم عراق، ازجملە اعراب سنی مذهب، کردها و مخالفان سیاسی این گروەها در آنها دربند هستند. بە گزارش سازمان عفو بین‌الملل ٦٤٣ شهروند عراقی از سوی میلیشیاهای حشد شعبی ربودە شدە و سرنوشتشان نامعلوم می باشد.
گروەهای حشد شعبی در عراق دارای زندان‌های مخفی هستند. در این زندان‌ها هزاران تن از اعراب سنی مذهب، کردها و مخالفان سیاسی خود را بە بند کشیدەاند. این گروەها کە پس از اشغال بخش‌هایی از عراق از سوی داعش با فرمان مراجع دینی شیعە تاسیس شدند، اکنون بیش از ١٠٠ هزار نیروی مسلح دارند. حشد شعبی از بیش از ٤٠ گروه مختلف تشکیل شدە کە بیشتر آنها تحت فرمان رژیم جمهوری اسلامی بودە و از سوی این رژیم تجهیز و سازماندهی شدەاند.
حشد شعبی از سوی پارلمان عراق بەعنوان یک نیروی مسلح، قانونی اعلام شدە و قاعدتأ باید مطیع فرامین فرماندە نیروهای مسلح عراق باشد، ولی آنچە کە تاکنون مشاهدە شدە است خلاف این را ثابت کردە و در واقع اکثریت گروەهای حشد شعبی مستقیمأ از سوی فرماندهان سپاە پاسداران رژیم، بویژە قاسم سلیمانی سرپرستی می‌شوند. نیروهای حشد در حین جنگ با داعش در مناطق سنی نشین عراق جنایت جنگی مرتکب شدە و قوانین جنگی و اصول حقوق بشری را نقض کردەاند. بطور مثال در شهرهای موصل، تکریت و فلوجە، اموال مردم را چپاول کردند. در جریان یورش گستردە نیروهای حشد شعبی و سپاە پاسداران جمهوری اسلامی بە کرکوک و دیگر شهرهای کردستان قریب بە دویست هزارتن از مردم این مناطق آوارە شدند و دو هزار منزل و مغازە شهروندان کرد از سوی اشغالگران غارت و سپس منفجر شدند. بە گفتەی دیندار زیباری، از مقامات اقلیم کردستان در پی یورش حشد شعبی بە اقلیم کردستان ٤٠٠ شهروند مدنی کشتە و زخمی شدەاند و در این بین تنها در طوزخرماتو ٢٠٠ شهروند از سوی حشد شعبی کشتە شدەاند.
