اکثر مقامات جمهوری اسلامی نقش اسراییل را در ترور فخری‌زاده برجسته کرده و شماری خواهان تلافی شده‌اند. جواد ظریف این اقدام را نشانه جنگ‌طلبی عوامل آن خواند. مشاور نطامی خامنه‌ای نوشت: «عاملان را از کرده پشیمان می‌کنیم.»
وزیر دفاع جمهوری اسلامی شامگاه جمعه بدون اشاره به برنامه هسته‌ای رژیم، علت ترور محسن فخری‌زاده را “وجهه علمی بالا، سابقه طولانی نوآوری و حضور موثر در تهیه کیت‌های کرونا” عنوان کرد. امیر حاتمی به خبرنگار صدا و سیما رژیم گفت مهاجمان اول تیراندازی کردند و پس از ده پانزده ثانیه نیسان پر از مهمات در پانزده بیست متری خودروی حامل محسن فخری‌زاده منفجر شد.
رییس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع (سپند) ظهر جمعه در جریان درگیری عناصر مسلح با تیم حفاظتی‌اش مجروح شد و در بیمارستان جان سپرد. فخری‌زاده در فهرست تحریم‌های شورای امنیت قرار داشت و عضو ارشد سپاه پاسداران بود.
جزییات دقیق و چندانی از صحنه و لحظه ترور در دست نیست. در حالی که خبرگزاری فارس از درگیری محافظان فخری‌زاده با مهاجمان و کشته شدن سه الی چهارنفر آنها می‌نویسد، سایر رسانه‌ها در باره سرنوشت مهاجمان گزارشی نداده اند.
حسین دهقان، وزیر دفاع سابق و مشاور نظامی خامنه‌ای در تهدیدی تند نوشت: «صهیونیست‌ها در واپسین روزهای عمر سیاسی متحد قماربازشان در پی تشدید و افزایش فشار بر ایران برای ایجاد یک جنگ تمام‌عیار هستند. شب دراز است و قلندر بیدار! همچون صاعقه بر سر قاتلان این شهید مظلوم فرود خواهیم آمد و از کرده خود پشیمان‌شان می‌کنیم.»
محمدجواد ظریف، وزیر خارجه ایران در پیامی توییتری گفت: «تروریست ها یکی از دانشمندان برجسته ایرانی را ترور کردند. این عمل بزدلانه که شواهد جدی از نقش اسرائیل در آن دیده می‌شود، نشان‌دهنده جنگ طلبی از سر بیچارگی مرتکبین آن است.»
ظریف دراین توییت از جامعه بین‌المللی به ویژه اروپا خواست این عمل را محکوم کنند و به “استانداردهای دوگانه شرم‌اور خود خاتمه دهند.»
وزیر خارجه ایران در اینستاگرام نیز نوشت: «ما شیشه عطریم، بگویید به سنگ.»
محمد باقری، رییس ستاد کل نیروهای مسلح، این ترور را “ضربه‌ای تلخ و سنگین” به مجموعه دفاعی جمهوری اسلامی خواند و هم‌زمان نوشت که راه فخری‌زاده ادامه خواهد یافت.
علی‌اکبر صالحی، رییس سازمان انرژی اتمی ایران یک پیام تسلیت و همدردی فرستاده و حسام الدین آشنا، مشاور حسن روحانی نیز در توییتی از ادامه نوآوری‌های پیشرفته دفاعی خبر داد.
حسین سلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران ادعا کرد که ترور فخری‌زاده، واکنش اسراییل به اقدامی است که نمی‌خواهند بگویند: «صهیونیست‌ها دانشمندان هسته‌ای ما را ترور کردند اما فقط خود انها می‌دانند پاسخ شان را چگونه دادیم. ما اعلام نمی‌کنیم اما خود آنها می‌دانند…»
حمید رسایی، نماینده پیشین دو دوره مجلس و مدیر مسئول هفته‌نامه “نه دی” که خود را “بسیجی جنگ نرم” می‌نامد در توییتی کنایه‌آمیز نوشت: «دانشمند برجسته هسته‌ای و موشکی کشورمان یک روز پس از تبادل جاسوس اسراییلی و در سالگرد ترور شهید شهریاری ترور شد. آقایان خانه امن با ساختن سریال تلویزیونی ایجاد نمی‌شود تا وقتی کلید در اختیار افراد ناامن است.»
نیویورک تایمز به نقل از سه منبع امنیتی نوشته که اسراییل در ترور فخری‌زاده دست داشته است.یوسی ملمن، روزنامه‌نگار اسراییلی هم توییت کرده که فخری‌زاده سال‌ها تحت تعقیب موساد قرار داشت. هم‌زمان، مدیر کل پیشین وزارت امور راهبردی اسرائیل نیز فخری‌زاده را “سلیمانی برنامه هسته‌ای ایران” توصیف کرد.
در اردیبهشت ۱۳۹۷ که بنیامین نتانیاهو، نخست وزیر اسرائیل انتقال انبوهی از اسناد مرتبط با برنامه هسته‌ای ایران به خارج را برملا کرد، از محسن فخری‌زاده به عنوان چهره‌ای محوری در برنامه هسته‌ای و موشکی ایران اسم برد و گفت که “این نام را به خاطر داشته باشید.”
آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در گزارش‌هایی گفته بود که دستیابی به ابعاد واقعی برنامه هسته‌ای ایران بدون مصاحبه با محسن فخری‌زاده ممکن نیست.
فخری‌زاده ۶۳ ساله بود و سابقه تدریس در دانشگاه “امام حسین”، وابسته به سپاه پاسداران را داشت.
