یک روز پس از ترور محسن فخری‌زادە مسئولان رژیم جمهوری اسلامی واکنش‌های متفاوتی از خود نشان دادەاند. هرچند همگی انگشت اتهام را بەسوی اسرائیل گرفتەاند ولی خامنەای و سپاە پاسداران با واکنش روحانی و دولت‌مردان متفاوت بود.
در حالیکە حسن روحانی، رییس‌جمهور رژیم ، در واکنش به ترور محسن فخری‌زاده گفت: «مسئولان مربوطه به موقع و مناسب» به این اقدام پاسخ خواهند داد. علی خامنه‌ای، رهبر نظام، از مسئولان این کشور خواست برای «مجازات قطعی عاملان و آمران» این ترور تلاش کنند.
روحانی روز شنبه هشتم آذر در جلسه ستاد ملی مدیریت کرونا گفت: «همه اتاق‌های فکر و دشمنان ایران بدانند ملت ایران و مسئولان شجاع‌تر و غیورتر از آن هستند که این اقدام جنایتکارانه را بی‌پاسخ بگذارند و مسئولان مربوطه به موقع و مناسب، پاسخ این جنایت را خواهند داد.»
او با «وحشیانه» خواندن ترور این عضو ارشد سپاه پاسداران ادامه داد که این اقدام «نشان می‌دهد که دشمنان ما در هفته‌های پراضطرابی هستند، هفته‌هایی که احساس می‌کنند دوران فشار آن‌ها کم می‌شود و شرایط جهانی تغییر می‌کند».
رییس‌جمهوررژیم با بیان این‌که کشورش «هوشمندتر و حکیم‌تر» از آن است که در «دام توطئه» اسرائیل بیفتد، گفت: «آن‌ها در فکر ایجاد یک آشوب و بلوا هستند. بدانند ما دست آن‌ها را از پیش خواندیم و آن‌ها موفق نخواهند شد به اهداف خبیثانه خودشان دست پیدا کنند.»
از سوی دیگر خامنه‌ای روز شنبه در پیامی، فخری‌زاده را «دانشمند برجسته و ممتاز هسته‌ای و دفاعی» توصیف کرد که جانش را در راه «تلاش‌های علمی بزرگ و ماندگار خود» از دست داد.
رهبر نظام با اشاره به این‌که دو موضوع باید در دستور کار قرار گیرد، ادامه داد: «نخست پیگیری این جنایت و مجازات قطعی عاملان و آمران آن و دیگر پیگیری تلاش علمی و فنی» فخری‌زاده در همه بخش‌هایی که به آن‌ها اشتغال داشت.
علاوه بر رییس دفتر روحانی، حسین سلامی، فرمانده کل سپاه پاسداران، نیز در پیام خود درباره ترور فخری‌زاده، گفت:«طراحان، عاملان و حامیان این ترور بدانند انتقام و مجازات سخت از آنان در دستور کار قرار گرفته است.»
