در واکنش بە کشتەشدن محسن فخری‌زادە برخی از مقامات رژیم و مشاوران خامنەای ضعف اطلاعاتی و زخنەی امنیتی را دلیل این اقدام می‌دانند، چنین پیداست نگاە امنیتی دستگاە‌های متعدد اطلاعات رژیم بە داخل کشور و تودەهای مردم ایران است و در برابر سرویس‌های عملیاتی کشورهای بیگانە، حتی زیر بیخ گوش خامنەای و دیگر سردمداران رژیم، ناتوان هستند.
حسین دهقان، مشاور نظامی خامنەای، روز شنبه گفت که علت ترور محسن فخری‌زاده «رخنه و نفوذ و شکاف» امنیتی بوده و مقامات مسئول «باید جواب دهند».
او در گفت‌وگو با صدا و سیمای رژیم با انتقاد تلویحی از ساختار امنیتی جمهوری اسلامی در سال‌های گذشته گفت با وجود تسلط و «اشراف اطلاعاتی» که حکومت ایران دارد در برخی موارد «رخنه» رخ می‌دهد و مواردی چون «عملیات تروریستی» در مجلس رخ می‌دهد.
مشاور نظامی خامنه‌ای در ادامه خواستار آسیب‌شناسی در دستگاه اطلاعاتی ایران برای تکرار نشدن چنین حوادثی شده است.
او همچنین با رد انتقادها درباره کافی نبودن حفاظت از محسن فخری‌زاده گفت که این فرد «کاملا حفاظت می‌شد و تیم حفاظت ایشان در سطوح بالای حفاظتی بود» و «خودروهای متناسب در اختیار» وی قرار داشته است.
در واکنشی دیگر، محسن رضایی، ٰدبیر مجمع تشخیص مصلحت نظام، در نامه‌ای به حسن روحانی خواستار آن شد که «سازمان‌های اطلاعاتی کشور» را موظف کند تا «منابع اصلی و نفوذی‌های سازمان‌های جاسوسی را شناسایی» کنند.
انتقادها از وضعیت و عملکرد نهادهای اطلاعاتی رژیم ایران در حالی افزایش یافته است که از حداقل ۱۶ نهاد اطلاعاتی ایران که در مجموعه «شورای هماهنگی اطلاعات» فعالیت دارند، اکثر نهادهای امنیتی و اطلاعاتی مهم جز وزارت اطلاعات تحت نظر خامنەای و نهادهای زیر نظر او اداره می‌شوند.
علاوه بر این، از سال ۹۲، مقام‌های ارشد سپاه پاسداران اعلام کردند که با توجه به ترور چند دانشمند هسته‌ای، حفاظت از این چهره‌ها به سپاه پاسداران واگذار شده است.
