چند روز پس از کشتەشدن محسن فخری‌زادە پاسدار و دانشمند هستەای و موشکی رژیم دو مقام ارشد دولت روحانی از ربط دادن ماجرای ترور وی و مذاکرات هسته‌ای انتقاد کرده و آن را «عملیات روانی» خوانده‌اند.
محمود واعظی رئیس دفتر حسن روحانی با اشاره به انتقادات مطرح شده علیه دولت گفته است برخی «به شکل غریبی» ترور محسن فخریزاده را به «عملکرد دولت و مذاکرات هسته‌ای ربط می‌دهند».
وی در یادداشتی که روز دوشنبه ۱۰ آذر در روزنامه ایران منتشر شده، این رفتارها را «عملیات روانی غیرمسئولانه» و حرکت در مسیری توصیف کرده که به گفته او «مختصات آن را دشمن تعریف کرده است».
او محسن فخریزاده را «عضوی از دولت» دانسته و گفته است که پیش از این و در جریان اهدای نشان‌های خدمت به تیم مذاکره‌کننده هسته‌ای، حسن روحانی، رئیس‌جمهور ایران به محسن فخریزاده به دلیل «نقش‌آفرینی در توسعه و بالندگی صنعت صلح‌آمیز هسته‌ای، نشان درجه دو خدمت» داده و گفته است که این موضوع قبلا به دلیل «ملاحظات امنیتی» در رسانه‌ها اعلام نشد.
روز گذشته نیز سخنگوی دولت ایران با اشاره به برخی انتقادات مطرح شده علیه دولت روحانی «ربط دادن» ترور فخریزاده با «مذاکرات انجام شده در دولت مستقر یا برجام» را یک «دام» دانست و گفت: «عده‌ای در این شرایط سعی دارند کلاهی از این نمد برای خود ببافند». این گمانە زنی‌ها و انتقادات در حالی‌است کە در خردادماە سال ١٤٠٠ انتخابات ریاست جمهوری در ایران برگزار می‌شود و جناح مسلط رژیم کە رکن اصلی آن خامنەای و سپاە پاسداران است درنظر دارند برای بەگفتەی خود یکدست کردن هرچە بیشتە حاکمیت یک چهرەی سپاهی را بە این مقام برسانند.
محمود واعظی در یادداشتی که روز یک‌شنبه ۹ آذر در روزنامه ایران منتشر کرده، ترور فخریزاده را «کاملاً حساب‌شده و با برنامه‌ریزی قبلی» توصیف کرده و خواستار پرهیز از تضعیف «نهادهای اطلاعاتی و امنیتی» شده است.
در روزهای گذشته انتقادات متعددی درباره ضعف نهادهای امنیتی ایران مطرح شده بود، از جمله حسین علایی، از فرماندهان پیشین سپاه پاسداران با اشاره به نحوه ترور فخریزاده، از «ضعف در ساختار و سازوکارهای دستگاه های امنیتی ایران» انتقاد کرده بود.
فریدون عباسی، رئيس کمیسیون انرژی مجلس ایران نیز در یک گفت‌وگوی تلویزیونی مقام‌های دولت ایران را متهم کرد که به او گفته‌اند نگوید «فخریزاده دانشمند هسته‌ای» بوده است.
به گفته آقای عباسی، مقام‌های دولت هنوز «دنبال سیب و گلابی برجام هستند» و می‌خواهند «دانشمند هسته‌ای» بودن فخریزاده را انکار کنند تا در مسیر مذاکرات هسته‌ای آینده چالش ایجاد نشود.
