علی ربیعی سخنگوی دولت روحانی مدعی شدە کە چند روز قبل از ترور پاسدار فخری‌زادە، متوجە این بە عملیات شدە و بە نهادیای مربوطە اطلاع دادەاست.
علی ربیعی با رد انتقادات مطرح شده درباره عملکرد وزارت اطلاعات در پرونده ترور محسن فخری‌زاده، گفته است که این وزارتخانه «چند ماه قبل و حتی چند روز» پیش از ترور شدن فخری‌زاده، اطلاعاتی دقیقی با ذکر جزئیات، «مکان‌های احتمالی و اهداف عملیات» به «نهادهای حفاظتی مربوطه» داده بود.
علی ربیعی که روز سه‌شنبه ۱۱ آذر در یک نشست خبری سخن می‌گفت، اشاره‌ای به نام «نهادهای حفاظتی مربوطه» نکرد. این در حالی است کە پس از عملیات ترور دانشمندان هستەای رژیم در یک دهەی اخیر سپاە پاسداران وارد عمل شد و مسئولیت محافظت از دانشمندان هستەایە و موشکی را بە عهدە گرفت.
محسن فخری‌زاده، چهره ارشد در برنامه هسته‌ای رژیم و رئیس سازمان پژوهش و نوآوری وزارت دفاع جمهوری اسلامی، روز هفتم آذر ماه در «منطقه آبسرد» دماوند مورد سوءقصد قرار گرفته و کشته شد.
از سال ۹۲، مقام‌های ارشد سپاه پاسداران اعلام کردند که با توجه به ترور چند دانشمند هسته‌ای در سال‌های ۸۸ تا ۹۰، حفاظت از این چهره‌ها به سپاه پاسداران واگذار شده است.
پیش از این، محمود واعظی، رئیس دفتر روحانی نیز با اشاره به این موضوع گفته بود که حسن روحانی، رئیس‌جمهوری ایران قبلا به خاطر نقش‌آفرینی آقای فخری‌زاده در برنامه هسته‌ای ایران به اون نشان «درجه دو خدمت» داده بود ولی به دلیل ملاحظات امنیتی این موضوع رسانه‌ای نشد.
