با گذشت بیش از یک هفته از کشته شدن محسن فخری‌زاده، فرمانده ارشد سپاه پاسداران و از عناصر کلیدی برنامه‌های موشکی و هسته‌ای جمهوری اسلامی، فرماندهان سپاه پاسداران روایت دیگری از چگونگی کشته شدن او ارائه کردند که با دیگر روایت‌های ارائه شده متفاوت است.
علی فدوی، جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران، روز یکشنبه ۱۶ آذر گفت: «یازده پاسدار همراه فخری‌زاده به عنوان تیم حفاظتی بودند و انفجار نیسان برای از بین بردن مجموعه حفاظت بود.»
این فرمانده ارشد سپاه پاسداران اضافه کرد که سرتیم حفاظت فخری‌زاده «به دلیل اینکه خود را روی فخری‌زاده انداخته بود ۴ تیر خورد» و کسی از حمله‌کنندگان در صحنه نبود «تا به محافظان شلیک کند».
او با اعلام این که تیربار «ماهواره‌ای و آنلاین» کنترل می‌شد و از «هوش مصنوعی» کمک گرفته شده بود گفت: «۱۳ تیر از تیربار شلیک شد و تیربار با دوربین پیشرفته روی چهره فخری‌زاده زوم بود.»
فدوی گفت که همسر فخری‌زاده «با وجود اینکه در فاصله ۲۵ سانتی‌متری» او قرار داشت تیر نخورد.
به گفته جانشین فرمانده کل سپاه پاسداران، «از ۱۳ تیر تیربار، چهار- پنج تیر» به فخری‌زاده خورد و یک تیر که به کمر او خورد باعث شد وی بر اثر قطع نخاع و خونریزی تا رسیدن به بیمارستان کشته شود.
این روایتی متفاوت از چندین روایت مختلفی است که مقام‌های جمهوری اسلامی تاکنون درباره کشته شدن فخری‌زاده ارائه کرده‌اند.
همچنین روز یکشنبه رمضان شریف، سخنگوی سپاه پاسداران، نیز گفت که در عملیات کشتن فخری‌زاده «از ابزار الکترونیکی پیشرفته با هدایت ماهواره‌ای» استفاده شده بود.
رسانه‌های ایران روز جمعه هفتم آذر گزارش دادند که محسن فخری‌زاده در آبسرد دماوند کشته شده است. روایت‌های متعددی که از آن زمان تاکنون از سوی مقام‌های مختلف جمهوری اسلامی ارائه شده، با یکدیگر متناقض است.
وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی نیز اعلام کرده «سرنخ هایی از عاملان این حمله» پیدا کرده اما «اطلاعات تکمیلی» را در آینده منتشر خواهد کرد.
شماری از مقام‌های جمهوری اسلامی، از جمله علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی، و حسین دهقان، مشاور نظامی علی خامنه‌ای، کشته شدن فخری‌زاده را بر اثر وجود «حفره‌های امنیتی»، «ضعف» و «نفوذ» در دستگاه‌های اطلاعاتی و امنیتی دانسته‌اند.
