دو ماه پیش از برگزاری انتخابات ریاست جمهوری علی خامنه‌ای ورود حسن خمینی به کارزار انتخاباتی را به صلاح ندانسته است. صلاحیت نوه خمینی پیش از این نیز برای عضویت در مجلس خبرگان از سوی شورای نگهبان رد شده بود.
انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۴۰۰ روز ۲۸ خرداد برگزار می‌شود. گمانه‌زنی‌هایی درباره کاندیداتوری حسن خمینی، نوه بنیانگذار جمهوری اسلامی نیز مطرح شده بود. اکنون گفته شده است که علی خامنه‌ای او را از شرکت در کارزار انتخابات پیش‌رو منع کرده است.
“پایگاه اطلاع‌رسانی و خبری جماران” بخش‌هایی از اظهارات یاسر خمینی، برادر حسن خمینی را درباره احتمال کاندیداتوری او منتشر کرده است.
یاسر خمینی اعلام کرده است که گروه‌هایی از مردم از حسن خمینی درخواست کرده بودند تا در انتخابات ریاست جمهوری اعلام نامزدی کند.
سایت “جماران” به نقل از یاسر خمینی نوشته است که حسن خمینی «در حال مشورت و بررسی جوانب امر بودند تا اینکه امروز [دوشنبه ۲۳ فروردین] مطابق دیدارهای نوبه خود با رهبری به دیدن ایشان رفتند که طی این ملاقات، رهبر انقلاب کاندیداتوری ایشان در انتخابات را به صلاح ندانستند و با بیان اینکه حاج حسن آقا را مانند فرزند خود می‌دانند، از ایشان خواستند که در شرایط فعلی به این عرصه ورود نکنند.»
یاسر خمینی در ادامه گفته است به این ترتیب «تصمیم ایشان روشن است و اخوی یقینا تصمیمی برای کاندیداتوری ندارند.»
باید یادآور شد که حسن خمینی پیش از این نیز برای عضویت در مجلس خبرگان کاندید شده بود. در آن هنگام (سال ۱۳۹۴) شورای نگهبان نوه خمینی را رد صلاحیت کرد.
شورای نگهبان دلیل رد صلاحیت او را «عدم حضور وی در امتحان اجتهاد» ذکر کرد و حسن خمینی با اشاره به این موضوع گفت که رد «صلاحیت علمی» او از سوی شورای نگهبان، او و بسیاری دیگر را متعجب کرده است.
در آن زمان، اکبر هاشمی‌رفسنجانی، رئیس وقت مجمع تشخیص مصلحت نظام، از رد صلاحیت نوه بنیانگذار جمهوری اسلامی در انتخابات مجلس خبرگان انتقاد کرد و خطاب به اعضای شورای نگهبان سؤال کرد که «آن‌ها صلاحیت خود را از کجا آورده‌اند و چه کسی به آن‌ها اجازه داده است که قضاوت کنند؟»
