سازمان عفو بین‌الملل با انتشار بیانیەای اعلام کرد، اینکه ابراهیم رئیسی به جای قرار گرفتن تحت تحقیقات کیفری به خاطر جرائم بین‌المللی، در منصب ریاست جمهوری قرار گرفته است، نمودی فجیع از قصور جامعه بین‌المللی در رسیدگی به بحران مصونیت ساختاری در ایران است. انتخابات ریاست جمهوری ایران در تاریخ ۲۸ خرداد ۱۴۰۰ صورت گرفت و در تاریخ ۲۹ خرداد ۱۴۰۰، ابراهیم رئیسی به‌عنوان رئیس جمهور بعدی رژیم اعلام شد.
سازمان عفو بین‌الملل در گزارش مفصلی مورخ آذر ۱۳۹۷، که جنایات علیه بشریت سابق و ادامه‌دار مرتبط با کشتار زندانیان در تابستان 67 را مستند کرده است، از ابراهیم رئیسی به عنوان یکی از اعضای «هیئت مرگ» تهران نام برده است که در ماه‌های مرداد و شهریور ۱۳۶۷، چندین هزار مخالف و دگراندیش سیاسی را در زندان‌های اوین و گوهردشت تحت ناپدیدسازی قهری قرار داده و به طور فراقضایی اعدام کرد. اجساد قربانیان عمدتا به طور مخفیانه در گورهای جمعی بی‌نام و نشان دفن شدند. در نتیجه، سازمان عفو بین‌الملل اعلام کرده است که ابراهیم رئیسی می‌بایست در خصوص جنایات علیه بشریت، شامل قتل، ناپدیدسازی قهری و شکنجه در ابعاد گسترده و سازمان‌یافته، تحت تحقیقات کیفری منطبق با موازین و قوانین بین‌المللی قرار بگیرد، از جمله توسط کشورهایی که اصل صلاحیت قضایی جهانی را اعمال می‌کنند.
علاوه بر این‌ها، ابراهیم رئیسی در دوران تصدی بر منصب ریاست قوه قضائیه از اسفند 1397، به عنوان مقام مافوق، ناظر بر دستگیری بی‌ضابطه هزاران تن از معترضان مسالمت‌جو، دگراندیشان و مخالفان، مدافعان حقوق بشر و اقلیت‌های مذهبی و اتنیکی تحت ستم بوده است. قوه قضائیه تحت ریاست او، همچنین مصونیت مطلق به مسئولان دولتی و نیروهای امنیتی اعطا کرده است که مسئول کشتار صدها مرد، زن و کودک طی اعتراضات سراسری آبان ۹۸ و نیز دستگیری گسترده هزاران معترض و ارتکاب ناپدیدسازی قهری، شکنجه یا سایر رفتار‌های بی‌رحمانه، غیرانسانی و ترذیلی علیه صدها تن از آن‌ها بوده‌اند.
بر اساس موازین و قوانین بین‌المللی حقوق بشر، از جمله مجموعه اصول تجدیدنظر شده سازمان ملل برای حفاظت و ارتقای حقوق بشر از طریق مبارزه با مصونیت، مقامات دولتی که شخصا مسئول موارد نقض فاحش حقوق بشری بوده‌اند، به‌ویژه آن دسته از آنان که در بخش‌های قضایی، اطلاعاتی و امنیتی نقش داشته‌اند، دیگر نباید در نهادهای دولتی مشغول به کار شوند. آن افرادی که بر اساس شواهد و مدارک در ارتکاب جرائم بین‌المللی دست داشته‌اند، باید تحت تحقیقات کیفری قرار گیرند و در صورت وجود اسناد معتبر کافی، محاکمه شده و طی دوران دادرسی از مناصب‌شان تعلیق گردند.
