علی خامنه‌ای در نخستین واکنش به فایل صوتی فرماندهان سپاه پاسداران درباره فساد گسترده در این نهاد گفت که «اتاق‌های فکر دشمن» قصد دارند علیه سپاه پاسداران و قاسم سلیمانی «لجن‌پراکنی» کنند.
خامنه‌ای روز پنجشنبه ۲۸ بهمن در یک سخنرانی ویدیویی برای گروهی از مردم تبریز گفت: «در اتاق‌های فکر خود میلیاردها دلار خرج می‌کنند و تلاش می‌کنند تا جوانان را با دو وسیله فشار اقتصادی و لجن‌پراکنی و دروغ‌پردازی از راه انقلاب برگردانند.»
او اضافه کرد: «به ارکان انقلاب تهمت می‌زنند؛ به مراکزی که در پیشرفت انقلاب تاثیر دارند تهمت می‌زنند؛ یک روز به مجلس، یک روز به شورای نگهبان تهمت می‌زنند و امروز نوبت سپاه و شهید بزرگوار سلیمانی است که علیه آنان لجن‌پراکنی کنند.»
در یک فایل صوتی ۴۹ دقیقه‌ای که روز ۲۲ بهمن در رادیو فردا منتشر شد، محمدعلی جعفری و صادق ذوالقدرنیا، فرمانده وقت و معاون اقتصادی وقت سپاه پاسداران، در جلسه‌ای در سال ۹۷ به موضوع فساد گسترده در بنیاد تعاون این نهاد و همچنین ارتباط آن با نیروی قدس، شهرداری تهران و برخی نهادهای دیگر می‌پرداختند.
در این فایل صوتی اشاره می‌شد که خامنه‌ای دستور داده ۹۰ درصد از درآمدهای این بخش از بنیاد تعاون سپاه به نیروی قدس سپاه پاسداران اختصاص پیدا کند.
محمدعلی جعفری در این فایل صوتی گفته بود قاسم سلیمانی نیز از برخورد‌های صورت‌گرفته با باند جمال‌الدین آبرومند، معاون وقت هماهنگ‌کننده سپاه، و سایر افراد موثر در این فساد ناراحت بوده و با رهبر جمهوری اسلامی در این زمینه صحبت کرده است.
در این فایل صوتی همچنین به نقش حسین طائب، رییس سازمان اطلاعات سپاه پاسداران، در این فساد اشاره شده بود.
علی خامنه‌ای در سخنان روز پنجشنبه خود همچنین اظهارات مقام‌های غربی درباره زمان لازم برای دستیابی ایران به بمب اتمی را «مهمل» خواند.
او همچنین مدعی شد کشورهای غربی «می‌دانند که جمهوری اسلامی به دنبال بمب اتمی نیست.»
در ماه‌های اخیر گزارش‌هایی به نقل از نهادهای اطلاعاتی غربی در رسانه‌ها منتشر شده که گفته‌اند ایران بیش از هر زمان دیگری به بمب اتمی نزدیک شده است.
از جمله واشینگتن‌پست در مطلبی به نقل از منابع آگاه نوشت که بر اساس ارزیابی اسرائیل، ایران درحال حاضر مواد هسته‌ای کافی برای سه بمب را در اختیار دارد و تا کمتر از یک ماه می‌تواند غنی‌سازی این میزان سوخت را تکمیل کند.
خامنه‌ای همچنین تاکید کرد: «دنیا روز به روز به انرژی هسته‌ای وابسته‌تر می‌شود، ما هم دیر یا زود نیاز مبرم به انرژی صلح‌آمیز هسته‌ای پیدا خواهیم کرد. امروز اگر دنبال نکنیم فردا دیر خواهد بود و دستمان خالی خواهد بود.»
او در عین حال گفت که تذکراتش هنگام تدوین برجام در نظر گرفته نشد: «من در قضایای برجام در سال ۹۴ و ۹۵ ایرادی که بنده می‌گرفتم این بود که یک نکاتی باید در برجام رعایت می‌شد که مشکلات بعدی پیش نیاید… بعضی از اینها در نظر گرفته نشد، مورد توجه قرار نگرفت، این مشکلات بعدی پیش آمد.»
رهبر جمهوری اسلامی با وجود تایید برجام، بارها از آن انتقاد کرده و آن را خسارت محض خوانده است.
